La Dirección de Gestión Institucional es el órgano de línea encargado de formular y ejecutar las políticas generales en materia de Gestión Institucional, de conformidad con las directivas establecidas por la Dirección Regional, en concordancia con la Política del Sector y del Gobierno Regional de Lima. Está a cargo de un Director Ejecutivo, quien depende jerárquica, funcional y administrativamente del Director Regional.